1949年10月后成立萬元行政村隸屬萬元鄉，村址設在張府自然村；1956年更名為萬元高級社，隸屬未變；1958年10月“政社合一”，更名為萬元生產隊，隸屬善厚人民公社；1984年4月，撤社更名、設村，更名為萬元行政村，同年底更名為萬元村民委員會，隸屬善厚鄉；2001年9月因行政區劃調整，隸屬善厚鎮；2004年9月因村級規模調整，由萬元、萬莊2個村民委員會合并為萬元村民委員會，隸屬善厚鎮，村址設在張府自然村；2006年4月因村級規模調整，由萬元、朱荒2個村民委員會合并為萬元村民委員會，隸屬善厚鎮，村址設在張府自然村；一直至今。