先秦時期相傳古代高陽氏在椒陵山（又名覆釜山，在今城內）建立古椒國。
春秋時為楚椒邑，后為全氏居住，故名“全椒”。
兩漢三國西漢始置全椒縣，初屬淮南國。
元狩元年（前122年）漢武帝復設九江郡，全椒改屬九江郡，轄于揚州刺史部。
東漢建武二十七年（51年），全椒為侯國，屬九江郡。
建初四年（79年），全椒侯國改屬下邳國。
建安十一年（206年）國除，復為全椒縣。
三國時期全椒先屬吳，后屬魏，轄于淮南郡。
兩晉南北朝西晉復置全椒、阜陵縣，屬淮南郡。
東晉王導行“僑寄法”，僑置南譙州。
廢全椒縣，僑置山桑縣，屬南譙州。
南北朝宋仍置南譙郡。
永初年間（420—422年）全椒為山桑、酂縣所在地，屬南豫州。
元嘉八年（431年）酂縣劃屬歷陽郡，后廢帝元徽元年（473年），酂縣又劃屬新昌郡。
南齊，酂縣改屬臨江郡。
梁改南譙郡為北譙郡。
隋唐兩宋隋開皇（581—600年）初，廢北譙郡，置滁州。
大業（605—618年）初，州廢，復為全椒縣，屬江都郡。
唐武德三年（620年）復置滁州，全椒縣屬之。
天寶元年（742年），改滁州為永陽郡，轄全椒縣。
乾元元年（758年），改屬滁州。
宋代，全椒屬滁州，隸屬淮南路，后屬淮南東路。
元明清元全椒屬滁州，初隸滁州路，后隸揚州路。
明初，廢全椒縣入滁州。
洪武七年（1374年），以滁州隸鳳陽府；十四年（1381年），復為全椒縣，屬滁州，仍隸鳳陽府；十九年（1386年），升滁州為直隸州，全椒縣屬之。
清初，全椒縣屬江南行省。
康熙六年（1667年），設安徽省，全椒縣屬之。
后分屬安廬滁和道。
民國時期民國元年（1912年）4月，全椒縣直屬安徽省。
三年至十七年，屬淮泗道。
十七年至二十一年，屬安徽省。
二十一年以后，屬安徽省第五專區。
建國以后1949年1月25日，全椒縣解放。
4月21日改屬皖北行署滁縣專區。
1952年4月12日改屬安徽省滁縣專區。
1956年元月12日改屬安徽省蚌埠專區。
1961年4月13日蚌埠專區仍劃分為滁縣、宿縣兩專區，全椒縣屬滁縣專區。
1971年3月29日，滁縣專區改名為滁縣地區，全椒縣隸屬不變。
1993年元月5日，撤銷滁縣地區，設立滁州市（地級），全椒縣屬其管轄。