1949年2月設秦集小鄉，屬鳳陽縣宮集區管轄。
1952年劃歸懷遠縣馬城區。
1956年撤區并鄉，由仁和、仲集、鐘井、秦集4個小鄉合并成立秦集大鄉。
1958年8月劃歸蚌埠郊區管轄，改稱秦集人民公社。
1980年3月，仲集、仁和、大孔、姜顧4個村劃出單獨成立仁和公社。
1984年1月撤銷仁和公社時，仲集、仁和、大孔、姜顧4個村歸還秦集原建制。
同年，為管好用好天河水面，省政府批準鳳陽宮集鄉的高埂、河北和懷遠縣廟前鄉的廣德3個村，郊區秦集鄉的棗林、九塘、大孔、西朱4個村，懷遠縣天河沿岸9個村，共16個村成立天河鄉。
1992年撤區并鄉時，天河鄉并入秦集鄉。
2001年9月，秦集鄉改稱秦集鎮。
2003年轄25個村民委員會。
2004年2月區劃調整，劃歸禹會區管轄，仲集村劃歸蚌山區燕山鄉管轄。
2007年，該鎮馮東、馮西2村合并為馮嘴村，鎮轄23個村民委員會。
2020年6月，秦集鎮轄1個社區、29個行政村。