清河街道前身為潁南鎮；1996年3月，設立清河街道辦事處，屬潁州區管轄。
同時將原泉河鄉的文峰、二里井、蓮花、谷堆、七里河5個村委會和文峰一村、文峰二村、二里井新村、桃園4個居委會及中市街道辦事處的潁西居委會劃歸清河街道管理。
10月設立文峰街道辦事處時，將文峰一村、文峰二村、二里井新村、桃園、潁西5個居委會和文峰、二里井、蓮花、谷堆、七里河5個村委會劃歸文峰街道管轄。
1997年7月，從清河街道劃出七里鋪、陳莊、申寨、邢集、田莊、黃莊、張橋7個行政村，歸阜陽市經濟開發區管轄。
2003年9月，原清河村改建為清河社區，原東清村改建為奎星苑、三里崗、中清社區。
2006年12月，又劃出苗莊、洪郢、九里3個行政村及六里行政村的一部分歸阜陽市經濟技術開發區管轄。
2007年12月，劃出橋口、七里鋪、張橋、陳莊、南三角、黃莊、新陽、邢集、申寨、田莊10個行政村歸新成立的京九路街道辦事處。
并且原賈莊村、西清村、六里村分別改建為賈莊社區、西清社區、萬霖社區。
2008年3月，原清河社區劃分為清河社區和雙清社區，此時清河街道轄清河、雙清、奎星苑、三里崗、中清、賈莊、西清、萬霖社區和沿河、十里井村。
2015年12月將潁西街道八里、卜子，京九路街道唐營、九里、洪郢、張大營村、肖營村等5個社區和2個村劃歸清河街道。
2016年4月將清河、雙清、奎星、三里崗、中清、沿河、十里井全部和賈莊、萬霖、西清部分劃轉到文峰街道和鼓樓街道管轄。
截至2021年末轄西清、唐營、苗莊、九里、洪郢、萬霖、八里、卜子和張大營、肖營10個社區。