百善鎮鎮域上東廓、下東廓兩村之西在西漢元封元年（前110年）是上谷郡昌平縣治所。
民國三十七年（1948年）12月12日，屬昌順聯合縣第十區。
1949年8月，屬昌平縣第三區。
1950年2月，分屬昌平縣二區、四區，各自然村建村政府。
1953年7月，村政府撤銷建鄉，百善鄉轄百善、孟祖2村，獅子營鄉轄良各莊、泥洼、鐘營、獅子營4村，牛房圈鄉轄呂各莊、半壁街、二德莊、牛房圈4村，屬四區。
上東郭、下東郭2村屬辛立屯鄉，東沙屯屬王莊鄉，屬二區。
1956年2月，百善、獅子營、牛房圈3鄉合并為百善鄉。
東沙屯、上東郭、下東郭屬松蘭堡鄉。
1958年，屬紅旗人民公社又屬小湯山公社，各鄉稱工作站。
1960年1月，屬昌平縣。
1961年5月，成立百善人民公社。
1982年7月，百善公社改鄉。
1997年，撤鄉改鎮，轄現域。