北臧村鎮相傳元時村中有古剎浮屠寺，以行善為本，故以臧村為名，意即“善人之居”。清光緒年間稱西藏村，后改今名。明、清屬順天府宛平縣。
1991年為鄉建制。位于大興縣西南部，距黃村西南7.5公里處。鄉域面積60平方公里。東隔京開公路與天堂河農場相望；西隔永定河與房山區相望；南與龐各莊鎮、定福莊鄉接壤；北與黃村鎮、蘆城鄉為鄰。轄23個行政村。有5390戶21505人。1997年底，轄23個行政村。有5114戶，16715人。2000年合鄉并鎮，撤銷北臧村鄉建制，設立北臧村鎮。境域面積及四至未變。2004年，鎮政府由原北臧村搬至北京生物工程與醫藥產業基地天富大街10號院。
至2010年，鎮轄總面積60平方公里。轄23個行政村。戶籍人口19075人，流動人口14205人。中關村科技園區大興生物工程與醫藥產業基地坐落在鎮域內。