現上莊地域歷史上長期隸屬于昌平縣。
西郊農場前身彰化農場系1949年11月建立，場部設在彰化村（今四季青南部），1954年4月改為現名。
1956年3月，白水洼鄉成立。
1958年5月，西郊農場場部遷至上莊村村南（屬白水洼鄉）。
1958年9月1日，現鄉域并入昌平區先鋒人民公社。
10月，原白水洼鄉大部（除東坨）、蘇家坨鄉等地劃歸海淀區，并入10月7日新成立的海淀區永豐人民公社。
1961年4月，永豐公社撤銷，在現鄉域成立上莊人民公社。
與國營西郊農場實行場鄉合一的行政體制。
1984年4月4日，上莊公社改鄉，鄉政府與西郊農場合署辦公。
1998年11月，鄉與農場分離。
2003年8月，撤上莊鄉設立上莊鎮。