清康熙四十六年（1707年），麻柳嘴鎮境域屬仁里七甲。
民國元年（1912年），麻柳設轄區；民國十九年（1930年），為麻柳里；民國二十年（1931年）6月，麻柳里改為麻柳鄉；民國二十四年（1935年），麻柳鄉改為麻柳聯保；民國三十年（1941年），麻柳聯保改為麻柳鄉。
1952年12月，麻柳鄉析置天池鄉、清溪鄉、平橋鄉3鄉。
1954年4月，平橋鄉并入麻柳鄉。
1955年12月，清溪鄉并入麻柳鄉。
1956年1月，天池鄉并入麻柳鄉；同年11月，恢復清溪鄉。
1958年9月，清溪鄉、麻柳鄉合并建麻柳公社。
1959年2月，麻柳公社改為麻柳管理區。
1960年12月，麻柳管理區改為麻柳公社。
1961年6月，麻柳公社析置天池公社。
1981年8月，麻柳公社更名為麻柳嘴公社。
1982年，麻柳嘴公社改為麻柳嘴鄉。
1993年12月，麻柳嘴鄉、天池鄉合并建麻柳嘴鎮。
1995年1月，撤銷巴縣建立巴南區，麻柳嘴鎮屬之。
2001年7月，清溪鄉并入麻柳嘴鎮。