清康熙年間（1662年—1722年），始建萬古場；清雍正六年（1728年），屬合州來蘇里；清光緒三十二年（1906年），屬龍多鄉。
民國十五年（1926年），設萬古鄉，屬第七區。
民國二十年（1931年），改萬古鄉為萬古鎮。
民國二十一年（1932年），屬第四區。
民國二十八年（1939年），鳳凰鄉并入萬古鎮，更名為萬鳳鎮。
民國三十年（1941年），撤萬鳳鎮，分設為萬古鄉、鳳凰鄉。
1958年9月，萬古鄉改為萬古公社，興隆鄉并入萬古公社。
1959年12月，由萬古公社析設興隆公社。
1981年3月，萬古公社改為燕窩公社。
1983年，由燕窩公社改為燕窩鄉。
1991年7月，由燕窩鄉改為燕窩鎮。
2005年4月，合隆鎮并入燕窩鎮。