1949年前屬大河鄉第八保的一部分。
1951年民主建政時為第八村的一部分，屬大河鄉。
1953年3月，由大河析置木楠鄉時，第八村隨劃，并分置為兩個村，清水村即以境內清水溪命名。
1956年1月，木楠廢入小河鄉，清水村隨隸。
1958年時，改稱清水管區，屬小河區隊，1961年又改稱清水大隊。
屬小河公社。
1981年地名普查時，更小河名水寒，復又更名為木楠公社，大隊仍屬，1984年1月，清水大隊改稱清水村，同時設立清水村村民委員會，隸木楠鄉。
2001年，新建保家鎮，木楠鄉隸屬，村隨屬。
2003年12月組建清水村，含原過路村、清水村、木洞村，名稱沿用至今。