云陽建縣2300多年，歷史悠久。
東周赧王元年（前314），秦國在原巴國置巴郡，其所轄“朐忍縣”（轄今梁平、萬州、開縣、云陽等地）為云陽建縣之始，縣治萬戶驛（今云陽縣雙江鎮建民村）。
北周天和三年至六年（568-571），朐忍縣遷至湯口（今云陽縣云陽鎮），更名為云安縣。
宋開寶五年（973）在云安縣建云軍，領云安縣及云安監。
至元十九年（1283）改云安軍置云陽州，省云安縣。
明初于縣、州、府之上設“道”。
洪武三年（1371）改“路”為“府”，云陽州隸屬下川東道夔府。
洪武五年（1373）十二月將云陽州設為縣，定名為“云陽縣”。
洪武九年（1376年），廢行書中書省，夔府降為夔州，云陽縣改隸重慶府。
洪武十三年（1381），夔州復升為府，云陽仍為其屬縣。
清朝分全國為18行省，四川境域未變。
嘉慶年間，地方行政組織又增加“道”一級，以“道”轄該地區府、州、廳、縣。
1949年12月6日云陽縣城和平解放，其后云陽先后隸屬四川省萬縣地區（市）、重慶市萬縣（州）移民開發區代管；2001年7月14日重慶直轄，云陽隸屬之。
因云陽鎮地處古滑坡及三峽工程建設，1999年9月28日，縣治由云陽鎮遷至雙江街道。