長坑鄉在隋唐時期屬南安縣地，在唐咸通五年（公元864）安溪始置小溪場時，則屬小溪場轄地，在五代后周顯德二年（955）置縣時隸屬清溪縣，在宋宣和三年（1121年）清溪改安溪時，長坑一直屬安溪縣地，區劃為金田鄉還集里（11、12都），沿用到明嘉靖元年（1522年），還集里析為還一、還二里，今長坑鄉屬還二里。
一直沿用到1932年10月，全縣劃為6個區，開始設有長坑區，轄還一、還二、感德、常樂4個里。
1936年7月，長坑區改為第三區署，領西南鎮、劍義鄉、感桃鄉、福珊鄉和藍進鄉；1941年1月，第三區更名為第二區；1942年4月，第二區改為長康區；1945年1月，長康區撤銷，屬崇新區所轄，同年10月崇新區撤銷，長坑設長卿鎮，而今的福春、水缸、珊屏、田中、三村等村屬福珊鄉，祥泉村屬藍進鄉。
1949年9月20日安溪縣城解放，正式成立安溪縣人民政府，沿用中共地下游擊活動劃分區域，長坑設長康區，轄長卿鎮及藍進、福珊、多卿、潘桃等5個鄉鎮，同年12月長康區改為第五區，轄長卿鎮及尚卿、藍進、樂德鄉。
1950年4月，全縣區域調整，仍為第五區不變，轄長坑、劍斗、感德、翰卿、龍居、溫泉等6個鄉鎮，29個小鄉。
1952年7月全縣區域劃為14個區，長坑為十一區，轄13個鄉鎮。
1955年9月，十一區改為長坑區，轄17個鄉，十四區改為珊屏區。
1956年6月，全縣12個區并為7個區，長坑區轄今長坑、藍田、祥華、感德、桃舟等25個鄉鎮。
1958年2月，撤銷7個區公所，劃為28個鄉鎮，長坑設長坑鄉，轄6個小鄉。
1958年11月，取消鄉建制，全縣重新調整成立9個人民公社，長坑設長坑人民公社，轄今藍田、祥華、長坑40個大隊。
1961年8月，全縣區域再次調整，設8個區，長坑設長坑區，轄14個小公社。
1965年4月，撤銷區建制，長坑區劃分為長坑、祥華2個公社，長坑公社轄30個大隊。
1981年11月，長坑公社析為長坑、藍田2個公社，長坑公社轄22個大隊。
1984年7月實行政社分開，長坑公社改為長坑鄉，今轄區有26個村、1個居民組、1個茶場；2020年6月撤銷長坑鄉設長卿鎮。