早在青銅時代，九都鎮域內就有人類生息，貴村溪尾山遺址曾發掘出石錛、礪石、夾砂黑陶片。
宋代屬霍山鄉水漈里。
明代設鄉、里、都、圖，現九都地域包括明代時九都部分及十都大部。
清代沿之。
民國時期，九都初屬二區，設有九邑鄉。
后屬霍童鎮。
1949年解放初期隸屬于八都。
1958年8月，設立九都人民公社。
1961年8月，撤銷人們公社，改稱九都區。
1966年7月復立九都人民公社。
1984年10月，撤銷公社建制，成立九都鄉。
1992年1月，改為鎮建制。
1967年之前公社機構駐九都村，1967年之后遷扶搖村。