琴亭村的建制沿著時代發展不斷變革，唐時隸屬于閩縣。
宋、元至明代中葉屬懷安縣。
明代下葉和清代歸屬侯官縣。
清末，屬侯官縣西園區。
民國時期，屬閩侯（林森）縣五區（新店區）。
中華人民共和國成立后，1949年12月屬福州市洪山區。
1952年底屬新店區。
1955年5月屬戰坂鄉。
1958年9月屬新店人民公社。
1960年3月重建新店區、改為勝利生產隊。
1969年11月區公所改為公社戰坂大隊勝利生產隊。
1970年2月屬紅衛(鼓樓)區戰坂大隊勝利生產隊。
1975年5月屬福州郊區磐石大隊琴亭生產隊。
1982年8月復歸福州郊區磐石大隊琴亭生產隊。
1984年9月廢社建鄉為新店鄉琴亭村委會。
1992年至今屬新店鎮。
琴亭村委會設在東浦路村中段位置。