清屬36都。
民國年間為靈溪區莒溪鄉。
1949年建政時，沿用舊名。
1952年土改時，將轄區劃分為莒溪、西廳、上村、大石、田立五個鄉，隸屬睦源區。
1956年撤區并鄉時上述五鄉合并恢復莒溪鄉，劃歸橋墩區管轄。
1957年又分為西廳、莒溪兩鄉。
1958年公社化時兩鄉合并，稱莒溪管理區，隸屬橋墩公社。
1984年建立鄉政府，同年改為建制鎮。
1992年撤區擴鎮并鄉，天井鄉并入莒溪鎮。
2011年4月蒼南縣鄉鎮區劃調整并入橋墩鎮。
2016年1月蒼南縣鄉鎮區劃調整時新設莒溪鎮。