古名石溪。
明宣德年間（1426-1435）改錦江。
明弘治元年（1488）設錦江埠。
明嘉靖元年（1522）改名石碼。
明嘉靖五年（1526）設石碼鎮。
民國廿六年（1937）設石碼特種區與龍溪縣分治。
1940年又為龍溪縣，拆為自由、平等、博愛、互助4個鎮。
1943年并為錦江、西湖2鎮。
1944年并為石碼鎮。
解放初屬龍溪縣第三區，1956年改為龍溪縣石碼鎮，公社化改為石碼公社。
1960年并縣改稱龍海縣石碼公社，1966年改為龍海縣石碼鎮。
1993年龍海撤縣改市，改稱龍海市石碼鎮。
2003年8月13日撤鎮設立街道辦事處，更名為石碼街道并沿用至今。