唐代屬閩縣晉安鄉海畔里。
宋代屬閩縣晉安東鄉，里名不變。
元代，海畔里與海曲里(壺江、川石島，現屬連江縣琯頭鎮)合并為嘉登海曲里。
明代，改為嘉登里。
清代，為閩縣東南二區嘉嶼區。
1934年屬閩侯縣四區；1935年改屬閩侯縣二區；中華人民共和國成立后，1949年8月17日瑯岐設閩江口軍民辦事處。
同年12月瑯岐屬閩侯縣二區。
1954年11月，二區轄閩瑯鎮和衙前、三平、吳莊、海嶼、云龍、金砂、鳳窩、龍臺、公婆等鄉。
1956年6月，瑯岐劃歸連江縣，同年，10月又劃歸閩侯縣。
1958年8月，瑯岐拆區并鄉，改為瑯岐鎮；同年11月成立瑯岐人民公社。
1961年11月，瑯岐由閩侯縣劃入福州市郊區。
1963年6月，瑯岐設區公所，轄10個人民公社、36個生產大隊。
1970年，瑯岐從福州市郊區劃入連江縣。
1975年12月，從連江縣劃歸福州市郊區。
1984年，瑯岐人民公社改為瑯岐鄉。
1991年10月，瑯岐鄉改為瑯岐鎮，轄9個管理區，39個行政村，1個居民委員會。
1995年11月，瑯岐鎮劃入福州市馬尾區。
2009年轄1個社區居委會，27個行政村。