澄源鄉五代時屬關隸鎮。
宋咸豐三年（1000年）屬關隸鄉，后改稱政和鄉，澄源屬之。
明景泰六年（1455年）屬善政鄉。
清沿明制。
1915年善政鄉改為第三區，1936年改為第二區，澄源均屬之。
1940年1月澄源正式立鄉，屬第二區。
1949年建立區、村政權，以澄源、啟賢、善政3鄉設為第四區。
1951年2月設澄源為第五區，1955年6月改稱第四區。
1958年6月調整合并鄉鎮，原澄源鄉、黃嶺鄉合并為澄源鄉，富垅鄉、前村鄉、下榅洋鄉合并為富垅鄉，均屬澄源區。
1958年9月建立人民公社，澄源改稱紅星人民公社。
1959年4月改名澄源公社。
1961年8月恢復區建制，復稱澄源區。
1969年撤區并社，澄源區改為澄源公社。
1970年析黃坑、下坪2個大隊歸外屯公社管轄。
1984年9月撤銷公社，設立澄源鄉。