西魏，伯陽縣設于境內。
隋，改秦縣。
唐代，撤銷。
民國元年（1912年）后，屬第二區。
民國二十六年（1937年），設伯陽南鄉。
民國二十九年（1940年），分為伯陽鎮和柏林鎮。
民國三十三年（1944年），又合為伯陽鎮，今清水縣草川鋪鄉南部當時屬伯陽鎮轄區。
1950年，分設為伯陽鎮、柏林鄉、東坪鄉。
1951年，伯陽鎮改鄉，并分置石門鄉。
1954年，再分設東坪鄉和鞏坪鄉。
1955年，設為伯陽、東坪、石門3鄉。
1956年，東坪并伯陽，石門并元龍。
1958年9月，伯陽并入馬跑泉公社。
1960年，改歸葡萄園公社。
1961年，設伯陽、石門2公社。
1968年，石門北部并元龍，南部并伯陽。
1983年12月，撤銷公社，成立伯陽鄉。
2002年，撤鄉建伯陽鎮。