1949年10月，設立白馬鄉三里店村。
1958年9月，高樓、白馬兩鄉合建為赤城公社，三里店村改稱三里店大隊，歸赤城公社管轄。
1962年2月，從赤城公社析出白馬公社稱白馬鋪公社，三里店大隊歸其管轄。
1965年2月，三里店大隊隨白馬鋪公社復并入赤城公社。
1983年12月，改稱赤城鄉三里店村民委員會。
1989年9月，三里店村民委員會隨白馬鋪鄉與赤城鄉分設，稱白馬鋪鄉三里店村民委員會。
2015年12月，白馬鋪鄉改鎮后，稱白馬鋪鎮三里店村民委員會。