上古時期，南極廟村屬北狄管轄，夏朝時屬雍州，為北豳國的屬地，商朝時屬北狄彭國管轄，周朝為義渠戎國管轄，秦朝時歸北地郡義渠縣管轄，漢朝歸郁郅縣管轄，東漢末年，羌戎入侵，歸羌人所轄，三國時被匈奴所占，隋朝歸弘化縣管轄，唐朝歸白馬縣管轄，宋朝屬于桐川縣管轄，元朝歸彭原縣管轄，明代清代歸安化縣管轄，民國時歸慶陽縣桐川鄉管轄。
新中國成立后的1949年10月，南極廟村屬桐川區公署安家寺鄉；1950年6月，隨安家寺鄉劃入驛馬區公所；1953年10月，隨安家寺鄉復歸桐川區公所；1955年11月，安家寺（含南極廟村）、小園子兩鄉合并為安家寺鄉，再次劃歸驛馬區公所；1956年3月，驛馬區公所撤銷，南極廟村隨安家寺鄉直屬縣人委；1958年9月，驛馬、安家寺、黨崾峴三個鄉合建為驛馬公社，南極廟村改稱南極廟大隊屬驛馬公社；1961年5月，增設安家寺公社，南極廟大隊屬安家寺公社；1965年2月，安家寺、黨崾峴兩公社合并為桐川公社，南極廟大隊屬桐川公社；1983年12月，改稱桐川鄉人民政府南極廟村民委員會；1989年9月，安家寺鄉從桐川鄉析出，南極廟村屬安家寺鄉人民政府；2005年8月，安家寺鄉撤，南極廟村劃歸驛馬鎮人民政府管轄至今。