1955年11月，鴨浴溝、牟家莊、張家肴鄉三個鄉合并為藥王洞鄉，藥王洞村隸屬于藥王洞鄉。
1958年4月，藥王洞鄉并入城關鄉，藥王洞村隸屬于城關鄉；同年9月，樊家廟、肖原、城關三個鄉合建為慶豐人民公社，藥王洞村改稱藥王洞大隊隸屬于慶豐人民公社。
1962年2月，慶豐人民公社改名為城關公社，藥王洞大隊隸屬于城關公社。
1965年2月，組建蓮池公社，藥王洞大隊隸屬于蓮池公社。
1968年2月，成立城關鎮革委會，3月，成立蓮池公社革委會。
1979年12月，藥王洞大隊從蓮池公社析出劃歸城關鎮。
1981年7月，城關鎮革委會改名為城關鎮人民政府，藥王洞大隊改稱藥王洞村民委員會屬之。
1985年1月，城關鎮人民政府改名為慶城鎮人民政府，藥王洞村民委員會隸屬于慶城鎮人民政府至今。