歷史上，石巖地域先后屬番禺、博羅、寶安、東莞，新安、寶安縣管轄。
抗日戰爭時期，石巖隸屬寶安第四區。
1949年10月解放。
1951年至1952年，進行土地改革。
1954年，成立初級社，后轉高級社。
1958年9月27日，光明人民公社成立，轄石巖。
1961年7月，成立石巖鄉為南頭區所轄。
1963年1月，寶安縣撤區并社，石巖為南頭區所轄。
1975年7月，劃出為石巖公社。
1983年7月，改為石巖區。
1986年10月，撤區建鎮改稱石巖鎮。
1993年1月1日，寶安縣撤縣建區，石巖鎮歸深圳市寶安區管轄。
2004年7月1日，撤鎮改設為石巖街道，仍屬寶安區管轄。