北宋年間（960年—1127年），磷溪分屬海陽縣懷德鄉的秋溪都和水南都。
清光緒年間（1875年—1908年），分屬海陽縣的東廂都、秋溪都和水南都。
民國元年（1912年），都改為區。
民國十九年（1930年），屬潮安縣第四區。
民國三十五年（1946年），分屬秋水鄉和東廂鄉。
1950年春，改稱第四區（后洋堤村從饒平縣割人澄海縣，隨后劃入潮安縣第四區）。
1952年，第十三區從第四區分出。
1957年，割涸溪歸潮州鎮。
1958年9月，撤第十三區，成立磷溪公社。
1960年，析為磷溪、福塘2公社。
1962年底，并為磷溪公社。
1983年7月，稱磷溪區。
1987年3月，稱潮州市磷溪鎮。
1992年，稱潮安縣磷溪鎮。
2013年6月28日，撤銷潮安縣，設立潮安區，并將原潮安縣的磷溪鎮、官塘鎮、鐵鋪鎮劃歸潮州市湘橋區管理。