鎮域北宋時已有人定居，古時是南洋村的一部分。
澄海置縣前，先后屬揭陽縣、海陽縣、饒平縣置縣后，明清時期屬縣的蘇灣都。
民國時期先后屬蘇南區、第二區，也曾分屬蓮中鄉和蓮北鄉。
1949年10月5日，澄海解放，蓮上歸屬蘇南區。
1953年，歸屬第二區。
1956年，分屬蓮陽上鄉和蓮陽下鄉。
1957年，歸屬蘇南鄉。
1958年9月15日，屬澄海縣公社第--支隊，蘇南公社。
1968年，屬東方紅公社。
1972年12月26日，從東方紅公社中劃出，設蓮上公社。
1984年1月，全縣實行“政社分開"，蓮上公社改設為澄海縣蓮上區。
1987年1月，撤區建鎮，蓮上區改設為蓮上鎮至今。
1994年，澄海縣撤縣建市，蓮上鎮隸屬澄海市。
2003年5月，澄海市改設為汕頭市澄海區，蓮上鎮隸屬澄海區。