明朝中葉（約1460年），福建莆田馬、丁、洪等姓到此創村定居，稱三灣村。
前屬饒平縣。
明嘉靖四十二年（1563）屬澄海縣蘇灣都。
清康熙二十五年（1686）三灣村改稱灣興村。
1914年灣興村析為南灣、北灣和東灣三鄉。
1921年廢都設區，屬蘇南區。
1946年南灣與北灣、東灣、渡亭合稱灣渡鄉。
1951年屬海濱區。
1953年屬二區。
1956年灣頭片合稱東灣鄉。
1957年東灣鄉改稱灣頭鄉。
1958年成立澄海縣人民公社，屬第一支隊，南灣與南份合稱101團。
1959年南份析出，設南灣生產大隊，屬蘇南人民公社。
1968年屬東方紅人民公社。
1972年屬灣頭人民公社。
1984年1月設區建鄉，南灣、南份合設南灣鄉，屬灣頭區。
1986年11月撤區置鎮，南份析出，設南灣村，屬灣頭鎮。
1990年9月設南灣管理區。
1999年6月設南灣村。
2002年屬蓮下鎮，沿用至今。