相傳宋朝中葉，鴻溝里和附近陶內、環山里已有人居住。
宋理宗寶祐五年（1253），林致政從福建莆田宦游至此定居，是為鴻溝林氏始祖，繁衍成鄉（村）。
前隸屬海陽縣懷德鄉蘇灣都，明成化十三年（1477）屬饒平縣蘇灣都。
明嘉靖四十二年（1563）屬澄海縣蘇灣都。
前全鄉分為半埔社、巷口社、東厝社、后厝社、圍內社、尾社、宮前、大厝內共8個社。
1921年廢都設區。
1932年稱鴻溝鄉，屬第六區（樟林）。
1946年屬鹽鴻鄉。
1949年屬蘇北區。
1951年屬鹽壇鄉。
1953年稱鴻溝鄉，屬三區（蘇北）。
1958年9月成立澄海縣人民公社，屬第二支隊202團。
1959年屬蘇北人民公社。
1960年鴻溝生產大隊析分為4個生產大隊，設立鴻三生產大隊。
1961年4月蘇北人民公社析為東隴、鹽鴻、十五鄉3個人民公社，屬鹽鴻人民公社。
1984年1月設區建鄉，設鴻三鄉，屬鹽鴻區。
1986年12月撤區置鎮，設鴻三村，屬鹽鴻鎮。
1990年9月設鴻三管理區。
1998年9月設鴻三，沿用至今。