明清時，屬景順鄉小峒都小洞村。
民國時期，屬二區小洞鄉。
1951年12月設小洞鄉，屬高明縣二區；1952年5月，改屬高明高鶴縣十一區；1954年6月，改屬高明縣二區。
1958年設小洞大隊，屬高鶴縣合水公社。
1983年稱小洞鄉，屬高明縣合水區。
1987年設小洞村委會，1989年改稱小洞管理區，屬高明縣合水鎮。
1999年設立小洞村委會，屬高明市合水鎮。
2005年高明區部分鎮（街道）行政區劃調整，改屬高明區更合鎮。