水口營村村民多姓商，始祖商祿公，朱明皇朝右承相徐達麾下之將士，來自北京河澗府（又名河間府）滄州南皮縣北隅七圖三角堤村。
洪武十二年（1404年），商祿公與副官許諒率部駐守廣州北部禺北冬瓜窿（當時花都屬古番禺治下）。
其時，元亡世亂，群雄四起，新政當權，不少地方盜賊四起，禺北地區，萬山環峙，山深谷窈，口隘林叢，常為盜匪聚集之地。
商祿公奉命率部駐守，常與盜匪廝殺，許諒殉職，商家因軍功也襲而食皇祿。
至清兵入關，商氏家族已世襲九代，早已不是最初的野戰部隊編制。
清順治四年（1667年），順治改革前明軍功世襲俸祿制，但仍允許商氏家族于駐地辟地屯居，取良田自耕自食，以商氏第九代傳人商大賓入籍番禺屯稅，居水口屯（今水口營）。
五六十年代建社時曾稱德星，七十年復原稱。
按所在地水口營村而命名。
1987年1月，北興區公所成立水口營村委會，隸屬北興區公所。
1987年3月，隸屬北興鎮人民政府。
2005年2月，依據粵民區[2005]10號文件，水口營村歸由花東鎮管轄，并沿用至今。