莘田二村始建村之時名為莘田村，一九五八年改為三聯村。
一九八七年又改為莘田二村。
據歷史資料記載，謝姓、葉姓、明姓族人曾居住于粵東南雄珠璣巷，因避蘇妃之難而南遷。
其時姓聯百家，莘田二村三姓族人相繼南下，擇地建村，取名莘田村。
莘田二村原屬番禺縣，一九五一年隸屬花縣管轄。
1987年1月，北興區公所成立莘田二村委會，隸屬北興區公所。
1987年3月，隸屬北興鎮人民政府。
2005年2月，依據粵民區[2005]10號文件，莘田二村歸由花東鎮管轄，并沿用至今。