清康熙二十四年,花縣建縣屬城南清潭村。
清代中葉,屬獅嶺巡檢司積余圖城西南四十五里清潭村,大窩㘵村和南陽莊。
民國初年,全縣廢縣改區,屬三區。
民國27年(1938年)花縣6個區并為兩個區,屬第一區廣潭鄉。
民國29年(1940年)花縣2個區分為3個區,屬獅龍區廣潭鄉。
民國31年花縣整編為3個行政區,屬第三行政區。
民國35年(1946年)花縣撤銷3個行政區,改為縣政府直轄24鄉,屬聯鄉鄉清潭村,大窩㘵村和南陽莊。
1949年10月全縣分東中西三個區,屬中區聯鄉鄉清潭村,大窩㘵村。
1950年4月全區分5個區,屬第三區聯鄉鄉清潭村,大窩㘵村和南陽莊。
1953年全區分為17個鄉,清潭村和大窩㘵村屬清㘵鄉,南陽莊屬蓮南鄉。
1956年由12個自然村組成為東分、西分、大窩三個高級合作社,1958年轉為三個大隊,1963年清潭村、大窩㘵村、南陽莊合并為一個大隊,即清㘵大隊,1983年為鄉。
1987年1月,新華區公所依據花府復[1987]9號文件成立清㘵村委會,隸屬新華區公所。
1987年3月,新華鎮人民政府依據花府復[1987]12號文件成立清㘵村委會,隸屬新華鎮人民政府。
2013年12月,依據粵民區[2013]18號文件,清㘵村歸由新雅街道管轄。