建于明嘉靖二十年（1541）前后，由陳氏荷坳一世祖陳康適之十世子孫陳士鎮所建，至今已經有460多年的歷史。
而在新中國成立后至1958年期間，一直劃在惠州惠陽專區龍崗區龍崗鎮管轄，但從1958年開始，劃分到深圳的前身寶安縣橫崗鎮管轄，當時荷坳和黃閣坑并鄉統稱為荷坑鄉，在1964年時荷坑鄉撤鄉立隊，荷坑鄉分為荷坳大隊和黃閣坑大隊。
1980深圳特區成立，黃閣坑又劃分到寶安縣橫崗鎮范圍，至到1993年撤縣設區時，黃閣坑歸龍崗區橫崗鎮，到了2005年，黃閣坑才被劃到了現在的龍城街道。
人口也從80年代中后期的七百多人發展到現在的1290人左右。
2004年9月設黃閣坑社區居民委員會，原屬橫崗鎮，2005年起屬龍城街道。