清康熙三年（1664），蔡氏先民從東莞遷徙至此建村定居。
1949年，上木古大隊由上木古、新木兩個生產隊組成。
時至1958年上木古大隊屬李木鄉人民政府管轄。
1958年轍鄉建公社，本土屬布吉公社管轄至1977年。
1977年平湖部分生產隊合并組成平湖公社，是時上木古大隊屬平湖公社轄至1983年。
1983年平湖公社改為平湖鄉人民政府至1985年，新木大隊下轄上木古、新村、老村、新圍仔四個生產隊。
1985年改平湖鄉人民政府為平湖公社，本土屬寶安縣平湖公社新木大隊上木古生產隊。
1989年建制改為鎮村建制，新木大隊變為新木村委會，上木古為新木上木古自然村。
是時，本土屬寶安縣平湖鎮新木古村委會上木古自然村。
1993年寶安縣撤分為寶安、龍崗兩區，上木古自然村從新木村委分出并成立上木古村民委員會，全稱為深圳市龍崗區平湖鎮上木古村民委員會。
2004年，隨著城市化的推進，上木古村更名為上木古社區，上木古村民委員會也隨之更名為上木古社區居委會，屬平湖街道，名稱沿用至今。