清以前屬廣東南澳深澳區，稱三澳鄉。
1946年屬深澳鄉，稱村。
1953年為漁業生產大隊。
1969年改稱村革命委員會。
1975年-1984年，二澳村民陸續遷至三澳村，1980年為農業生產大隊。
1984年與吳平寨合為一個鄉，1986年稱拆分稱三澳村民委員會。
1991年稱三澳管理區，1998年改稱三澳村委會，2004年村居規模調整與吳平寨合并為東陽村委會，撤銷三澳村委會。
2017年撤銷東陽村民委員會，三澳、吳平寨村再次分設，成立三澳村民委員會，并沿用至今。