清城區所轄行政區劃為原清遠縣境域之一部分。
漢元鼎六年（前111）置中宿縣，屬南海郡。
三國吳甘露元年（265），以桂陽郡南部，立始興郡，中宿縣改屬始興郡。
南北朝，宋泰豫元年（472），始興郡改稱廣興郡，齊建元元年（479）復為始興郡，中宿縣屬之。
梁武帝期間，置清遠郡，轄中宿、威正、廉平等5縣，隸屬衡州。
陳朝，清遠郡屬西衡州。
隋開皇十年（590）廢清遠郡，置清遠縣、政賓縣，屬南海郡。
唐武德六年（623）廢政賓縣并入清遠縣，屬廣州督察府轄。
五代南漢以及宋、元、明、清等朝，清遠縣均屬廣州府（路）。
1936年，屬第二行政督察區。
1983年7月，改隸廣州市。
1988年1月，撤銷清遠縣設立清遠市，原清遠縣境分置清城區、清郊區（今清新區）。