清代屬宜山縣歸善鄉上里地，民國初期劃為宜山縣第四區，民國22年改稱石別區，民國31年撤區劃為石別鄉。
解放后，最初為里苗區石別鄉，1950年劃為宜山縣第五區（石別區），1955年石別區屬的同意、宜州、翁同、龍候、京口、金滿、板磨、大宿、塘懷9個鄉劃歸都安瑤族自治縣。
1957年撤區并鄉為石別鄉。
1958年成立先鋒（石別）人民公社，1962年北山公社并入石別公社，同年秋改為石別區，1966年仍為石別公社。
1984年改為石別鄉。
1987年分出部分村屯成立北山鄉。
1998年撤鄉建鎮為石別鎮。
2005年宜州市撤并鄉鎮后拉并村委并入石別鎮。
2010年，石別鎮轄1個社區，10個村委，107個自然屯。