1981年屬于張家壩公社里的檬子樹大隊，1984年成立為檬子樹村，1992年2月，同年10月，貴州省人民政府準備思南縣進行“建鎮并鄉鎮區”工作，撤銷張家寨鄉、溪底鄉、香家灣鄉、竹園鄉、合并建立張家寨鎮，共形成1個居委會和23個村，檬子樹村屬于張家寨鎮管轄，2007年縣政府下達《關于撤小村并大村整合的批復》，全縣開展撤小村并大村的工作，把全縣561個村合并成168個村，其中鄧家寨、街聯、雙安、檬子樹、關山合并成張家寨村。
2010年11月16日，思南縣人民政府批準調整全縣行政區劃，張家寨鎮，原行政村7個調整設置為行政村22個，社區一個，檬子樹村屬張家寨鎮管轄。