清嘉慶六年（1801）在此設石峴衛，轄八堡四十八碉，和三個寨；民國31年（1942年）1月，石峴保屬平頭司鄉管轄；1950年3月1日，設轄平頭鄉公所，石峴保改稱村；1952年10月，設石峴鄉，石峴村劃屬之；1958年11月，公社化時，石峴村改稱石峴大隊，屬石峴公社管轄；1959年1月，石峴大隊屬石峴管理區；1984年3月，石峴大隊改稱石峴村，屬石峴鄉管轄；1992年3月，建鎮并鄉撤區，撤銷石峴鄉并入平頭鄉，石峴村劃屬之管轄至今。