元朝時屬順元路貴筑長官司。
明代屬新貴縣之北上里和北下里，今都堡、長田、星中、新埔、高峰、安全、全心六村境屬貴筑長官司，大寨、三寨、西沖、獨山、大木、小木六村境屬新貴縣。
1915年劃屬修文縣管轄。
1942年今鄉境統一由沿河鄉管轄。
1947年，沿河鄉更名為桃源鄉。
1952年析建為六屯鄉、桃源鄉兩鄉。
1953年，六屯鄉析建六屯、長田、農場三鄉。
桃源鄉又析建桃源、獨沖、雙木三鄉。
1958年，改置人民公社，成立飛躍公社。
1959年，全縣合并為5個公社，撤銷飛躍公社，所轄各管區并入扎佐公社。
1961年，六屯、桃源管理區遂改為六屯公社和桃源公社，屬扎佐區。
1984年，實行政、社分設，復建鄉（鎮）、村政權，鄉（鎮）轄村民委員會（屬民委員會），村以下建村民小組。
六屯公社、桃源公社改稱六屯鄉和桃源鄉，所轄各生產大隊改為村委會。
1992年2月，撤區并鄉，將六屯桃源兩鄉合并，建大鄉，沿用六屯鄉名。
2013年由省人民政府審批更名為六屯鎮。