石阡村村民委員會,明萬歷二十九年(1601)后屬德溪里,清光緒三十一年(1905)后屬南區,1928年后屬鳳儀區(一區)。
解放初為瑞溪大鄉的六、七村,1953年建石阡鄉,1958年公社化時為石阡管理區,后改為石阡公社。
1984年隸屬鳳儀區,改稱為村。
1992年7月,將原鳳儀區所轄的燕子壩、三把車、石阡、柏壩、瑞溪、木盆寺6個鄉合并組建瑞溪鎮,石阡村隸屬瑞溪鎮。
2003年小村合成大村時,由原石阡管理區的墨石村、樓房村、高家菁村三個小村組成現石阡村。