明清至民國二十三年（1934年），南圣鎮轄區由南圣、同甲峒兩地組成。
南圣原叫指（志）瑪，屬陵水縣指（志）瑪弓。
同甲峒（包括毛祥），屬定安縣管轄。
民國二十四年（1935年）3月，兩地劃歸保亭縣，設置志瑪鄉；同年5月7日，保亭縣設立3個區、14個鄉，南圣鄉屬第一區管轄。
民國三十六年（1947年）7月，保亭縣設有南圣等14個鄉鎮。
民國三十七年（1948年）4月，保亭縣民主政府成立，南圣地區設文化鄉，屬保亭縣第三區管轄。
1950年6月，保亭縣管轄4個區、32個鄉。
南圣鄉屬保亭縣第三區管轄。
同年8月29日，保亭縣進行區劃調整，撤銷區級政權，實行縣直接領導鄉的行政建置，全縣設文化鄉等13個大鄉。
同年12月31日，保亭縣撤銷13個大鄉，恢復區鄉建置，全縣設立5個區、56個鄉，文化鄉分出南圣鄉、同甲鄉，南圣鎮屬第四區管轄。
1951年5月，保亭縣行政區劃進行調整，南圣鄉屬第三區管轄。
1953年6月，分出紅溝鄉。
1955年11月，保亭縣改數字命名為地名命區名稱，保三區改為通什區，南圣鄉、同甲鄉、紅溝鄉屬通什區管轄。
1956年12月24日，南圣鄉、紅溝鄉2個小鄉合并為南圣鄉。
1958年3月3日，南圣鄉、毛岸鄉、同甲鄉3個鄉合并為南圣鄉，駐地南圣村。
1958年9月，南圣鄉與通什鎮、福安干部農場、福安示范場、國營通什茶場合并，成立通什鎮紅旗人民公社。
同年12月，隸屬崖縣管轄。
1959年11月，隸屬保亭縣管轄。
1961年5月，劃出成立南圣人民公社。
1966年9月，劃出南圣公社管轄的毛岸，成立毛岸公社。
1983年，南圣人民公社改為南圣區公所。
1986年，劃歸通什市。
1987年1月，改稱南圣鎮。