南董鎮系藁城縣八大自然鎮之一。
明，屬堤里社。
清，設南董營。
民國，全縣劃分五個區，屬三區（西區）。
1938年4月，藁城縣抗日民主政府成立，全縣劃分八個區，歸六區。
1947年11月，藁城縣恢復原建制，先后劃分八、十三個區，先后為六、八區管轄。
中華人民共和國成立后，先后劃分十、七個區，先后為六、五區管轄。
1953年7月，全縣劃分96個鄉，設南董鎮，下轄2村。
1955年改稱南董區南董鎮。
1956年6月撤區并鄉，設南董鄉，下轄8村。
1958年，“人民公社化”時，設南董人民公社，下轄36村。
1961年5月，縮小公社規模，設南董人民公社，下轄6生產大隊。
1984年1月，公社改鄉鎮建制，改稱南董鄉，6月，改為南董鎮，下轄6個村民委員會。
1996年撤鄉擴鎮，撤銷四公鄉、并入南董鎮，下轄16村民委員會至今。