肅寧古時屬禹貢九州冀州之地。
春秋時期，屬晉國。
戰國時期，屬趙國。
秦國屬鉅鹿郡。
漢代，為武垣縣地，屬幽州涿郡。
三國、晉，屬幽州。
南北朝時，屬瀛洲。
隋大業初（605），屬河間縣。
唐武德五年(622)，還屬武垣縣。
貞觀元年（627），復屬河間縣，隸瀛洲。
宋雍熙中（985）于河間縣西置平虜砦，景德二年（1005），改為肅寧城。
屬河間府。
金正隆年間（1156-1161）置為肅寧縣。
元世祖至元二年（1265），廢肅寧縣為鎮，入河間縣，隸中書省河間路。
明代洪武元年（1368年）十月始，一直屬河間府。
清代仍為肅寧縣，屬直隸省河間府。
1913年屬直隸省渤海道，1914年屬直隸省津海道。
1928年，直隸省改為河北省，肅寧縣屬之。
1398年10月，成立肅寧縣人民抗日政權。
1939年3月，屬晉察冀邊區人民政府，冀中行政公署。
1944年9月30日，縣城解放。
1949年，中華人民共和國成立后，屬河北省滄縣地區專員公署。
1953年，肅寧縣改屬河北省定縣區專員公署。
1954年8月，定縣地區專員公署撤銷，復屬滄縣地區專員公署。
1958年11月20日撤銷肅寧縣建制并入河間縣。
同年因滄縣地區劃入天津市，河間縣屬之。
1962年3月27日，恢復肅寧縣建制，屬河北省滄州地區專員公署管轄。
1978年下半年，滄州地區專員公署改為滄州地區行政公署，肅寧縣仍屬之。
1993年7月，隸屬滄州市至今。