清宣統元年（1909），清廷照準，于臨江州東境烏蘇里江附近設置綏遠州，隸屬吉林行省東北路道管轄。
1913年1月23日，綏遠州改稱綏遠縣。
1914年6月，隸屬依蘭道（東北路道改稱）。
1929年2月撤銷道制，由吉林省直轄。
同年9月27日，因與山西省綏遠縣重名，綏遠縣改稱撫遠縣。
1934年12月劃歸偽三江省管轄。
1938年將饒河縣撓力河以北地區劃歸撫遠縣管轄。
1947年隸屬合江省。
1949年5月，劃歸松江省管轄。
1951年4月，撤銷撫遠縣建制，改設撫遠漁業特區。
同年6月，將撓力河以北之東安鎮等地劃歸饒河縣管轄。
1952年8月，恢復撫遠縣。
1954年8月松、黑兩省合并后，隸屬黑龍江省合江地區。
1959年4月，將富錦縣同江區（包括同江、三村、樂業3個鄉）劃歸撫遠縣管轄，并將同江區改為同江鎮，撫遠縣人民委員會由撫遠鎮移駐同江鎮。
1965年，將西部的同江鎮和樂業、三村、街津口、八岔公社及勤得利農場鄉劃歸新設置的同江縣管轄，撫遠縣人民委員會遷回撫遠鎮。
1985年1月1日，劃歸佳木斯市領導，由黑龍江省直接管轄。
2016年1月15日，撤銷撫遠縣，設立撫遠市（縣級），名稱沿用至今。