曾名“小石頭河子”、“石頭河子”。
清末民初，隸屬樺川縣管轄。
1941年稱小石頭河子村。
1946年6月劃歸新設置的樺南縣管轄，設置小石頭河子鄉（特別鄉）。
1947年4月廢止鄉制，區下設村，劃歸駝腰子區管轄。
1950年7月改隸第六區。
1956年樺南縣并入樺川縣后，設石頭河子鄉。
1958年9月，改稱石頭河人民公社。
1964年復歸樺南縣管轄。
1984年3月，改設石頭河鎮。
1990年改稱石頭河子鎮，名稱沿用至今。