石巖鎮駐地，原名“都木赫”，系滿語，意為“渡口”。
民國初期，屬寧安縣安樂鄉管轄。
1935年7月牡圖線鐵路通車，設石頭站。
1945年屬寧安縣第二自治區。
1946年，改稱石巖村。
1947年5月設置第四區。
1955年4月改稱石巖區。
1956年5月，撤區劃鄉，設置石巖中心鄉。
同年9月，將勤勞、平安、蘭崗3鄉并入，成立石巖人民公社。
1961年1月，將蘭崗等地劃出，成立蘭崗人民公社。
1962年11月，將平安、豐產和興隆一帶劃出，成立平安人民公社和興隆人民公社。
1984年4月，設置石巖鎮。
2001年1月撤銷平安鄉，并入石巖鎮。
名稱沿用至今。