1930年已形成聚落。
東北淪陷后，屬鐵驪縣管轄。
1939年4月，設神樹村。
1943年7月，屬慶安縣。
1946年恢復鐵驪縣，設立神樹區。
1951年9月，改稱鐵驪縣第三區。
1955年5月，又改為神樹區。
1956年全縣并村劃鄉，神樹為14個鄉之一。
同年11月，屬鐵力縣。
1958年3月，將圣浪鄉并入神樹鄉。
同年9月，改神樹公社，隸屬慶安縣。
1962年10月鐵力恢復縣制，神樹公社重歸鐵力縣管轄。
1964年，將神樹公社改為神樹鎮公社。
1965年又恢復為神樹公社。
1977年1月，神樹公社改為神樹鎮。
1988年，屬鐵力市。
2001年3月，神樹鎮并入桃山鎮。
2018年5月恢復神樹鎮。