清初開辟茂興至璦琿驛路后，為解決“茂興”至“古魯”兩站之間相距過遠之弊，清雍正五年(1727)于此增設烏蘭諾爾站，稱“新站”。
中華民國時期，郭爾羅斯后旗設新站鄉(xiāng)，隸屬第十二區(qū)管轄。
東北淪陷后，初設新站保，后改設新民村。
1945年“九三”抗日戰(zhàn)爭勝利后，設置新民區(qū)，1946年末改為新站區(qū)，1949年改為第七區(qū)。
1952年2月，設置新站鎮(zhèn)。
1956年4月，將郭爾羅斯后旗改為肇源縣，隸屬肇源縣管轄。
1958年9月，改稱新站人民公社。
1984年3月，改為新站鎮(zhèn)。