唐、宋間屬清云鄉腹地。
明、清中北部屬趙市里，西南部屬長江河里。
民國初屬長興區。
1940年屬長黃鄉。
1947年至1948年先后屬盧大街區、張老埠區。
1949年屬張老埠區，同年底改屬陳淋區。
1951年西部幾鄉劃屬武廟集區。
1956年建祖師廟中心鄉、王樓中心鄉。
1958年設祖師、萬崗管理片，屬紅蘇（大）公社（駐武廟集）。
1959年改屬陳淋（大）公社。
1961年改建祖師、萬崗等（小）公社，屬陳淋區。
1962年重建祖師公社。
1983年改設祖師廟鄉。
2013年改置祖師廟鎮。