相傳，此地生長一種罕見的喬木，其木色金黃，質硬性柔，樹體杏香，被稱為“柏樹”，又名“杏柏”。公元10年，王莽追殺劉秀，劉秀逃到這里時，天色已晚，大霧迷漫，看到村西山頭上一棵高大柏樹，便藏匿樹上。第二天，劉秀逢兇化吉后，臨行前向此樹三鞠躬致謝，以后這一方柏樹愈發茂盛。公元58年，劉秀修建陵園時，曾在此移去大量柏樹，取其“吉祥、避邪”之意，后人便將小山溝取名“柏樹莊”。
柏樹莊距軹城鎮政府駐地4公里，位處西部丘嶺地帶。東與泥溝河相連，西和衛佛庵毗鄰，南依棗樹嶺，北臨南王莊。約唐朝末期，村西南山內建一寺院。寺院香火極盛，招引方圓數十里善男信女拜佛求安，便形成東寺河、西寺河（自然村）；相傳在大宋年間，寺內和尚不行正事，官府派武松除害，產生了和尚溝（自然村）；宋末（約1278年），陳姓家族避亂于此，聚族而居，村名陳莊（自然村）；明洪武三年（1370年），山西石姓人移民于此，名稱石莊（自然村）；明永樂十四年（1416年），郝姓、李姓遷入柏樹莊，宋姓落戶和尚溝；民國六年（1917年）山東衛姓遷來；民國十七年（1928年），王姓家族從賈溝、古落莊移住原墳洼（自然村）；2002年，邵原鎮井溝村32戶、148人移民柏樹莊（自然村）。從此，柏樹村生活著8個居民組，181戶，671人。全村經濟小區120畝，耕地面積840畝，以種植小麥、玉米為主。
1971年，柏樹村購置手扶拖拉機一臺，服務群眾運輸貨物；安裝20千瓦柴油發電機組，村民用上電。1972年，修3公里支渠，引來沁渠水澆灌全村85%土地；1973年，平整土地，填溝造地動土萬余方。從此，地成方，渠成網。1982 年，創濟源縣畝產噸、貢獻千的先進模范村。1986年，村建大型面粉廠、帶鋸廠，年創利潤10余萬元。1987年，陳莊（第一居民組）打井建水塔，用上自來水。1989年，石莊、柏樹莊建大型蓄水池，自來水進戶。20世紀末，動用料礓石5000余方，鋪就村內道路5000余米。2001年開始，借國家道路村村通、組組通的發展機遇，硬化了周邊鄉間道路，硬化、綠化、亮化了大街小巷。2014年，村投資270余萬元，建大型沼氣池，受益戶達100%。柏樹莊超市、游樂園、垃圾 中轉站、衛生所等服務行業一應俱全。
柏樹村是軹城鎮土地流轉先進單位，是軹城鎮服務項目建設先進村。2003年，發展蔬菜制種及花椒樹500余畝。2013年，原墳洼居民組租出荒山地500余畝（租金7萬余元）發展林果基地，共栽植核桃樹1.5萬株，種植藥材30畝，開挖魚塘2500平方米，養鴨1萬余只。同年，和尚溝400余畝荒山地，引入總資產達1.2億多元的瑞星養殖公司，投資5000萬元建豬舍5萬平方米，生豬存欄10萬余頭。并投資50余萬元，將破窯洞改造成高標準的休閑農莊別墅。2014年，柏樹村600余畝深溝荒山對外承包，共種植核桃1萬余株，深溝內修水庫一座，嶺上建蓄水池2處，養魚澆地，年付給村民7萬余元；2015年，村內將400余畝良田轉給濟源市農科所，規劃農業科學技術試驗、生態技術試驗，打造柏樹村生態旅游觀光新名片。